西暦202X年、地球に降り立った魔界樹ユグドラシルにより地球の大半の地域が邪悪なオーラで支配されていた。セーラーセレーネ／星野ウララは仲間のセーラーナイツと共に敵と戦ってきたが、恋人でもあるエクシード仮面を連れ去られ仲間も次々と倒れていった。セレーネは敵本陣であるユグドラシル内に突入、宿敵ネクロディアと戦うがその前に闇に落ち敵となったエクシード仮面――デュランダルが現れる。